Secuenciación de nueva generación y sus aplicaciones iniciales para el diagnóstico molecular de los síndromes autoinflamatorios sistémicos

Secuenciación de nueva generación y sus aplicaciones iniciales para el diagnóstico molecular de los síndromes autoinflamatorios sistémicos

Título original: Next-generation sequencing and its initial applications for molecular diagnosis of systemic auto-inflammatory diseases

Autores:

  1. Marta Rusmini1UOC Medical Genetics, IRCCS Istituto Giannina Gaslini, Genoa, Italy
  2. Silvia Federici2UOC Pediatric Rheumatology, Lab Immunology Rheumatic Diseases, IRCCS Istituto Giannina Gaslini, Genoa, Italy
  3. Francesco Caroli1UOC Medical Genetics, IRCCS Istituto Giannina Gaslini, Genoa, Italy
  4. Alice Grossi1UOC Medical Genetics, IRCCS Istituto Giannina Gaslini, Genoa, Italy
  5. Maurizia Baldi3Laboratory of Human Genetics, Ospedali Galliera, Genoa, Italy
  6. Laura Obici4Amyloidosis Research and Treatment Centre, Biotechnology Research Laboratories, Fondazione IRCCS Policlinico San Matteo, Pavia, Italy
  7. Antonella Insalaco5Division of Rheumatology, Department of Pediatric Medicine, Bambino Gesù Children’s Hospital, IRCCS, Rome, Italy
  8. Alberto Tommasini6Department of Pediatrics, Institute for Maternal and Child Health, IRCCS Burlo Garofolo,Trieste, Italy
  9. Roberta Caorsi2UOC Pediatric Rheumatology, Lab Immunology Rheumatic Diseases, IRCCS Istituto Giannina Gaslini, Genoa, Italy
  10. Eleonora Gallo7Dipartimento di Salute Pubblica e Pediatria, Universita’ di Torino, Torino, Italy
  11. Alma Nunzia Olivieri8Dipartimento della Donna, del Bambino e di Chirurgia Generale e Specialistica, Seconda Universita’ degli Studi di Napoli, Napoli, Italia
  12. AngeloValerio Marzano9UO Dermatologia, Fondazione IRCCS Ca’ Granda Ospedale Maggiore Policlinico—Dipartimento di Fisiopatologia Medico-Chirurgica e dei Trapianti, Università degli Studi di Milano, Milan, Italy
  13. Domenico Coviello3Laboratory of Human Genetics, Ospedali Galliera, Genoa, Italy
  14. Roberto Ravazzolo1,10Dipartimento Neuroscienze, Riabilitazione, Oftalmologia, Genetica e Scienze Materno-Infantili (DiNOGMI), Università degli Studi di Genova, Genova, Italy
  15. Alberto Martini2,10Dipartimento Neuroscienze, Riabilitazione, Oftalmologia, Genetica e Scienze Materno-Infantili (DiNOGMI), Università degli Studi di Genova, Genova, Italy
  16. Marco Gattorno2UOC Pediatric Rheumatology, Lab Immunology Rheumatic Diseases, IRCCS Istituto Giannina Gaslini, Genoa, Italy
  17. Isabella Ceccherini1 UOC Medical Genetics, IRCCS Istituto Giannina Gaslini, Genoa, Italy

Publicado: 17 September 2015

Abstract

Objetivos Los síndromes autoinflamatorios sistémicos (SAIDs) son un grupo heterogéneo de enfermedades monogénicas compartiendo una disfunción primaria del sistema inmune innato. Más del 50% de los pacientes con SAID no muestran ninguna mutación en el gen analizado debido a la falta de criterios de clasificación clínica precisa y / o a una detección incompleta del gen. Para mejorar el diagnóstico molecular y la interpretación genotípica de los SAIDs, llevamos a cabo el desarrollo de un protocolo basado en la secuenciación de nueva generación (NGS) y diseñado para detectar simultaneamente un número de 10 genes.

Métodos Cincuenta pacientes con SAID, ya genotipados para el gen causante respectivo, fueron secuenciados masivamente para las porciones codificadas de MEFV, MVK, TNFRSF1A, NLRP3,NLRP12, NOD2, PSTPIP1, IL1RN, LPIN2 y PSMB8. Se compararon tres tuberías bioinformáticas diferentes (Ion Reporter, CLC Bio Genómica Workbench, GATK basados ​​en el flujo de trabajo en la empresa).

Resultados Una vez que se compararon las diferentes variantes resultantes con la lista de mutaciones esperada, ningún flujo de trabajo resultó ser capaz de detectar todas las 79 variantes conocidas en los 50 ADNs. Fueron detectadas, también, variantes adicionales, validadas por la secuenciación y comparadas para evaluar las tasas de detección de falsos positivos y datos verdaderos de los tres flujos de trabajo. Finalmente, el cuadro clínico global de 34 pacientes fue reevaluado a la luz de las nuevas mutaciones encontradas.

Conclusions El presente panel de genes ha resultado adecuado para el diagnóstico molecular de SAIDs. Además, la correlación, genotipo–fenotipo ha confirmado que la interpretación de datos NGS en pacientes con un fenotipo inflamatorio infefinido es remarcablemente difícil, apoyando así la necesidad basada en la evidencia y criterios clínicos validados para ser usado de forma concurrente con el análisis genético para el diagnóstico final y la clasificación de los pacientes con SAIDs.

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